一、项目简介
随着基因组学与蛋白质组学最近几年的火热发展,对于基因与蛋白大数据的计算处理成为一个重要的研究课题,生物信息学的一个重要发展方向。特别是发达国家,如美国,加拿大,瑞士,荷兰,德国等国家的大学,都开设了生物信息学的这方面的专业,研究课题和面向应用的项目。如瑞士的Uniprot蛋白质数据库成为生物学研究的基础。
对于大规模蛋白质的测序研究将成为基因测序之后备受重视的产业化前课题。在鉴定大规模的蛋白质问题中,一个首要的问题是通过蛋白质的质量来筛选,进而鉴定蛋白质。目前,已经可以通过高精度,高分辨率的质谱技术来实现。对于一个蛋白质,如何有效地利用它的质谱数据,并通过与理论预测相结合,是当前生物信息学中一个重要的计算课题。
二、项目内容
本项目将会带领学生认识和了解计算技术在生物学研究中发挥的重要作用,并以来自实际的科研问题驱动为例,如以蛋白质的理论同位素峰计算预测,质谱数据的解析与对接为例。对于数据库提供的任何物种的蛋白质序列数据库,可以通过emass算法计算出其理论的同位素分布,进而与质谱测量的进行比较分析。
本科研实训项目专门为计划申请计算机应用,生物学(生物信息学方向),计算生物学,软件工程等专业的学生所设计。实习结束后,导师会根据学生表现出具推荐信。
三、师资背景
指导老师获得过国家留学基金委的资助,在美国著名大学从事合作研究一年,了解美国高校的运行与科研体制,现在任职于国内生命科学顶级研究所,为计算机应用(生物信息学)副研究员。所开发的生物信息学算法已在重要国际期刊发表,并得到国内外用户的下载使用。目前在研课题经费80万元(国家自然科学基金),并与美国的著名高校保持交流与合作。
四、招生对象及要求
大二以上优秀本科生(有较熟练的编程经验,熟悉至少一门编程语言),计划申请计算机应用、生物学(生物信息学方向)、计算生物学、软件工程等相关专业,为了让学生可以更好地完成科研项目,项目组会以面试形式对学生进行筛选。
五、项目关键点
1. 这个项目能够培养学生什么素质和能力?
通过导师面对面指导学生完整参与一个科研实训项目,激发学生对生物信息学和生物数据处理技术的科研兴趣,培养学生参与科研项目的基本素质和实践能力。
2. 通过这个项目学生能够掌握什么软件或者具体知识?
通过参与本项目,学生将能够:熟练掌握并实践自己熟悉的一门编程语言;理解emass算法的基础;掌握蛋白质质量信息处理的方式和方法;掌握解决和提炼,解决科学问题的能力。
3. 这个项目具体做什么应用?
本项目会带领学生研究一个蛋白质质量测量中的数据处理问题,该问题来自实际的科研中。通过对该问题的了解,分析与求解,建立科研的全过程训练。
六、日程安排
远程训练项目
备注:实际安排顺序与时间可能会根据师生之间的协商进行部分调整。
七、报名方式
咨询电话:010-5795-2000
地址:北京市海淀区中关村丹棱街3号中国电子大厦B座15层